Tortugas Ninja 2: Fuera de las sombras continúa con la trama de las cuatro tortugas ninja más famosas de Nueva York, pero siguen estando bajo las sombras para no asustar a la humanidad y que terminen experimentando con ellos o algo mucho peor. Aunque no pueden evitar proteger las calles de la ciudad de los delincuentes que están al acecho, siempre intentan ponerle remedio al caos que estos malhechores hacen, pero eso sí, solamente pueden salir por la noche. Estas cuatro tortugas tan emblemáticas son Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello, cuatro hermanos que se protegen entre ellos pase lo que pase aunque no lo demuestren tan a menudo, los cuatro unidos son un equipo estupendo, cómico y peculiar.
Pero esta nueva misión será más difícil y peligrosa que las anteriores en las que se han enfrentado. Deberán de enfrentarse al malévolo Shredder que, tras escapar de la prisión y la muerte en la que estaba, regresará con un perverso plan para aniquilar de una vez por todas a los cuatro superhéroes. Y para lograr su objetivo, este villano ha secuestrado al científico Baxter Stockman del T.C.R.I., para que así pueda conseguir la pócima que hizo posible que las tortugas mutaran.
