A la sombra del arcoiris narra la historia de Bay, una joven a la que la vida le ha regalado una segunda oportunidad para vivir tras haber sufrido un fatídico accidente de coche. Aunque pudo salir con vida, su padre no tuvo la misma suerte. Por eso se siente mucho más confusa de lo que estaba anteriormente. En el momento en que nuestra protagonista despierte del coma en el hospital, se dará cuenta de que ha olvidado absolutamente todo. No recuerda su pasado ni las personas que formaron parte de su anterior vida. Por eso, Bay no puede evitar sentirse completamente perdida y sin saber qué rumbo y decisiones tomar a partir de ahora. Aún así, la nueva Bay sentirá desde el primer momento mucha curiosidad por saber sus orígenes, cómo era su padre y qué legado le había dejado tras su partida.
Es por esto que nuestra protagonista comenzará de nuevo haciéndose cargo del negocio de turismo marítimo de su progenitor. Pero no lo hará sola, ya que contará con la ayuda de Jude, un chico que tampoco recuerda pero que sentirá una gran conexión nada más despertar. En cambio, no sentirá lo mismo por el que es su supuesto novio Scott, pero hará todo lo posible por volver a sentir mariposas en el estómago por él. Pero eso no quedará ahí, ya que al querer saber todo sobre su padre, también quiere lo mismo y entender qué fue de su madre, el verdadero motivo por el que no tiene fotografías ni recuerdos de ella y que puedan ayudarla a recordar. Aunque lo que más ganas tiene por descubrir nuestra protagonista son los meses previos a su accidente y porqué tiene la sensación de que todos ocultan secretos a su alrededor.