"Posibles spoilers de los libros anteriores"
Ciudad de cristal sigue con la historia de Clary, que tras los últimos acontecimientos vividos, tiene que encontrar la forma de despertar a su madre del coma. Para ello debe viajar hasta la Ciudad de Cristal, el lugar donde viven la mayor parte de los cazadores de sombras. Pero debe hacerlo a escondidas de Jace, ya que bajo ninguna circunstancia la dejaría ir con ellos. Lo que nuestra protagonista no sabe es el grave peligro que puede suponer que la descubran en la ciudad por ser hija de quien es, del malvado Valentine. Aún así, Clary no puede quedarse de brazos cruzados y esperar a que otros hagan lo que debería hacer ella por su madre, por lo que de una forma u otra terminará en aquel lugar a través de un portal.
En la Ciudad de Cristal, Clary conocerá a Sebastian, un misterioso cazador de sombras que le atraerá nada más verle. Pero no todo es lo que parece y nuestra protagonista decidirá descubrir los secretos de su pasado familiar. Pero ese no será el único problema, ya que Simon, el mejor amigo de Clary y convertido en vampiro diurno, termina en aquella ciudad por accidente y es encarcelado por los cazadores de sombras, ya que no confían en un subterráneo como él y menos con las nuevas capacidades que ha adquirido. Pero todo esto no queda aquí, ya que Valentine va dos pasos por delante de los demás y está cada vez más cerca de cumplir su cometido, y con ello obtener su ansiada venganza: el fin de los cazadores de sombras. Finalmente, Clary deberá conseguir que licántropos, vampiros y cazadores de sombras dejen a un lado sus diferencias y aúnen fuerzas para vencer a Valentine de una vez por todas.
